目前電子稅務局提供三種扣款方式（自動扣款（預約或不預約）、手動扣款）
（1）自動扣款（預約）：在各稅費種申報完畢點擊全申報后（此時申報狀態(tài)為已申報（未導入）的狀態(tài)），用戶可以點擊“預約扣款”按鈕（全申報按鈕右邊），選擇自定義扣款時間（不能預約征期最后一天），到了預約時間，系統(tǒng)就會自動發(fā)起扣款任務。如該申報表已導入金三系統(tǒng)，則不能再發(fā)起預約扣款（目前地方稅費只有部分報表已放置預約扣款按鈕，如增值稅申報表等）。另預約扣款只針對已簽訂三方協(xié)議的納稅人，且按次申報的稅種申報表目前尚未添加預約扣款按鈕！
（2）自動扣款（不預約）：針對未選擇預約扣款的欠稅數(shù)據(jù)，等申報狀態(tài)轉(zhuǎn)為已申報（已導入），系統(tǒng)就會自動發(fā)起扣款任務；或者之前有扣款失敗的欠稅數(shù)據(jù)，系統(tǒng)也會自動放入扣款隊列里，分時間段滾動發(fā)起任務。
（3）手動扣款：申報狀態(tài)轉(zhuǎn)為已申報（已導入）（即已導入金三中，金三征收開票處可以看到此稅款）后，除了系統(tǒng)自動扣款外，也可以手動扣款。功能在我要辦稅-稅費申報及繳納-稅款繳納（左側(cè)），用戶可以在此處自由選擇扣款條數(shù)，系統(tǒng)根據(jù)所選的稅種歸屬自動調(diào)用三方協(xié)議進行扣款。