國(guó)務(wù)院臺(tái)灣事務(wù)辦公室是根據(jù)1988年9月9日第21次常務(wù)會(huì)議決定成立的國(guó)務(wù)院辦事機(jī)構(gòu)，是國(guó)務(wù)院直屬事業(yè)單位，現(xiàn)任主任為張志軍 。
1991年3月國(guó)務(wù)院機(jī)構(gòu)改革決定，國(guó)務(wù)院臺(tái)灣事務(wù)辦公室與中共中央臺(tái)灣工作辦公室一個(gè)機(jī)構(gòu)兩塊牌子，列入中共中央直屬機(jī)構(gòu)序列。
該辦公室遵循黨中央和國(guó)務(wù)院制定的方針、政策，負(fù)責(zé)管理、指導(dǎo)、協(xié)調(diào)國(guó)務(wù)院有關(guān)部門和省、市、自治區(qū)人民政府在經(jīng)濟(jì)、科技、教育文化等方面涉臺(tái)事務(wù)；對(duì)各部門、各地區(qū)貫徹執(zhí)行中央、國(guó)務(wù)院方針、政策的情況進(jìn)行督促檢查，組織制定涉臺(tái)事務(wù)的有關(guān)政策和規(guī)定。
主要職責(zé)
1、研究、擬訂對(duì)臺(tái)工作方針政策：貫徹執(zhí)行黨中央、國(guó)務(wù)院確定的對(duì)臺(tái)工作的方針政策。
2、組織、指導(dǎo)、管理、協(xié)調(diào)國(guó)務(wù)院各部門和各省、自治區(qū)、直轄市的對(duì)臺(tái)工作：檢查了解各地區(qū)、各部門貫徹執(zhí)行黨中央、國(guó)務(wù)院對(duì)臺(tái)方針政策情況。
3、研究臺(tái)灣形勢(shì)和兩岸關(guān)系發(fā)展動(dòng)向：協(xié)調(diào)有關(guān)部門研究、草擬涉臺(tái)的法律、法規(guī)，統(tǒng)籌協(xié)調(diào)涉臺(tái)法律事務(wù)。
4、按照國(guó)務(wù)院的部署和授權(quán)，負(fù)責(zé)同臺(tái)灣當(dāng)局及其授權(quán)社會(huì)團(tuán)體談判及簽署協(xié)議文件的有關(guān)準(zhǔn)備工作。
5、管理協(xié)調(diào)兩岸通郵、通航、通商事務(wù)；負(fù)責(zé)對(duì)臺(tái)宣傳、教育工作和有關(guān)臺(tái)灣工作的新聞發(fā)布；處理涉臺(tái)的重大事件。
6、會(huì)同有關(guān)部門統(tǒng)籌協(xié)調(diào)和指導(dǎo)對(duì)臺(tái)經(jīng)貿(mào)工作和兩岸金融、文化、學(xué)術(shù)、體育、科技、衛(wèi)生等各個(gè)領(lǐng)域的交流與合作，以及兩岸人員往來、考察、研討等工作，國(guó)際會(huì)議的涉臺(tái)工作。
7、完成國(guó)務(wù)院交辦的其他任務(wù)。