賓陽縣水利局設(shè)四個內(nèi)設(shè)機構(gòu)：辦公室、規(guī)劃建設(shè)管理股、河長制工作股、水旱災(zāi)害防御股；三個二層機構(gòu)：賓陽縣水利工程建設(shè)服務(wù)站、賓陽縣水資源行政執(zhí)法大隊、賓陽縣水庫移民安置服務(wù)中心。

(一)辦公室。負責局機關(guān)日常運轉(zhuǎn)工作，負責文秘、機要檔案、局機關(guān)內(nèi)部規(guī)章制度建設(shè)等。承擔績效考評、信息、保密、信訪、政務(wù)公開、新聞宣傳、財務(wù)等工作。負責部門預(yù)決算管理工作。承擔局機關(guān)和所屬單位的干部人事、機構(gòu)編制、勞動工資教育培訓、職稱改革、出國(境)和離退休人員管理等工作，指導全縣水利系統(tǒng)人才隊伍建設(shè)。組織協(xié)調(diào)依法行政工作，提出綜合性水利政策研究建議。

(二)規(guī)劃建設(shè)管理股。擬訂全縣水利發(fā)展規(guī)劃，組織編制水利綜合、專業(yè)、專項等重大規(guī)劃。組織指導有關(guān)防洪論證、水利工程建設(shè)項目合規(guī)性審查、跨區(qū)域跨流域水資源供需形勢分析、大中型調(diào)水工程前期工作。承擔全縣實施最嚴格水資源管理制度相關(guān)工作。組織開展全縣大中型灌排工程建設(shè)與改造，指導農(nóng)村飲水安全工程建設(shè)管理工作，指導節(jié)水灌溉有關(guān)工作。指導水利行業(yè)供水和各鎮(zhèn)供水工作。組織編制全縣水土保持規(guī)劃并監(jiān)督實施，組織實施全縣水土流失綜合防治工作，組織實施水土流失監(jiān)測、預(yù)報。負責有關(guān)生產(chǎn)建設(shè)項目水土保持監(jiān)督管理，指導國家、自治區(qū)、南寧市和賓陽縣水土保持建設(shè)項目的實施。

指導全縣水利工程建設(shè)管理,組織擬訂有關(guān)制度并組織實施。指導水庫、堤防、水閘等水利工程的運行管理、維修養(yǎng)護和綜合利用與劃界。組織指導水庫大壩、水閘注冊登記管理。組織指導水庫運行調(diào)度規(guī)程或調(diào)度運用方案的編制和監(jiān)督實施。

督促檢查水利重大政策、決策部署和重點工作的貫徹落實情況。承擔全縣水利工程移民安置的管理和監(jiān)督工作。

(三)河長制工作股。承擔賓陽縣河長制辦公室的日常工作事務(wù)，組織指導全縣河長制湖長制工作落實和監(jiān)督考核。督促落實賓陽縣河長會議議決事項和總河長、河長交辦的其他工作。指導全縣河湖水域及其岸線的管理、保護和綜合利用。指導全縣河道采砂管理工作。組織指導水利風景區(qū)有關(guān)工作。

(四)水旱災(zāi)害防御股。組織編制全縣洪水干旱防治規(guī)劃和防護標準、重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱災(zāi)調(diào)度以及應(yīng)急水量調(diào)度方案并組織實施。承擔江河、湖泊、水庫水情旱情監(jiān)測預(yù)報預(yù)警工作。組織協(xié)調(diào)指導蓄滯洪區(qū)和防洪保護區(qū)管理工作。負責水利信息化工作。

機關(guān)黨組織。負責機關(guān)和所屬單位的黨群工作。