磐石市地處長白山西麓。長白山系哈達嶺山脈老爺嶺橫亙境內東西，構成中部、東北部高，南北低，狀似屋脊地勢，海拔500～1000米，為輝發(fā)河水系、飲馬河水系的分水嶺。在分水嶺的南北兩側，河流順向斜南北分流。沿河兩岸經過長期的侵蝕、沖積等外引力作用，發(fā)育為常態(tài)地貌，成為寬谷地區(qū)。取柴河、煙筒山兩鎮(zhèn)之間的界山雞爪頂子海拔1049米，是全市最高點；煙筒山鎮(zhèn)北部的堿場村雞冠山屯西1.3公里處海拔230米，是全市的最低點，相對高差為819米。

磐石市下轄4個街道，13個鎮(zhèn)，1個鄉(xiāng)，1個省級經濟開發(fā)區(qū)：東寧街道，河南街道，福安街道，阜康街道，煙筒山鎮(zhèn)，明城鎮(zhèn)，石嘴鎮(zhèn)，驛馬鎮(zhèn)，富太鎮(zhèn)，呼蘭鎮(zhèn)，紅旗嶺鎮(zhèn)，朝陽山鎮(zhèn)，吉昌鎮(zhèn)，取柴河鎮(zhèn)，黑石鎮(zhèn)，松山鎮(zhèn)，牛心鎮(zhèn)，寶山鄉(xiāng)，經濟開發(fā)區(qū)。