中華人民共和國商丘海關(guān)，機(jī)構(gòu)規(guī)格正處級，前身為鄭州海關(guān)駐商丘辦事處。2018年機(jī)構(gòu)改革后，經(jīng)中央編辦、海關(guān)總署批準(zhǔn)，正式設(shè)立商丘海關(guān)，內(nèi)設(shè)科室3個(gè)，分別是：辦公室（黨委組織宣傳部）、綜合業(yè)務(wù)科、查檢科。另設(shè)副處級駐民權(quán)辦事處。

商丘海關(guān)受鄭州海關(guān)直接領(lǐng)導(dǎo)，屬地型海關(guān)，按授權(quán)負(fù)責(zé)商丘市區(qū)域范圍內(nèi)海關(guān)各類管理工作的執(zhí)行。主要負(fù)責(zé)黨的基層組織建設(shè)和干部隊(duì)伍建設(shè)；辦理具體海關(guān)業(yè)務(wù)，反饋執(zhí)法作業(yè)結(jié)果；完成鄭州海關(guān)交辦的其他工作。