琿春海關(guān)是受長春海關(guān)直接領(lǐng)導(dǎo)，按授權(quán)負責指定口岸和區(qū)域范圍內(nèi)海關(guān)各類管理工作的執(zhí)行機構(gòu)。主要負責黨的基層組織建設(shè)和干部隊伍建設(shè)；辦理具體海關(guān)業(yè)務(wù)，反饋執(zhí)法作業(yè)結(jié)果；完成長春海關(guān)交辦的其他工作。
機構(gòu)規(guī)格為正處級，機構(gòu)類型為偏口岸綜合型，管轄范圍為：負責琿春市行政區(qū)劃內(nèi)的屬地和口岸相關(guān)海關(guān)業(yè)務(wù)（按有關(guān)規(guī)定實施集約化管理的審批備案業(yè)務(wù)和稽查業(yè)務(wù)除外）。
內(nèi)設(shè)機構(gòu)
琿春海關(guān)設(shè)下列14個正科級內(nèi)設(shè)機構(gòu)：辦公室（黨委辦公室）、人事政工科（黨委組織宣傳部）、綜合保障科、風險監(jiān)控科、綜合業(yè)務(wù)科、監(jiān)管一科、監(jiān)管二科、監(jiān)管三科、核查一科、核查二科、綜保區(qū)綜合業(yè)務(wù)科、綜保區(qū)監(jiān)管科、鐵路口岸監(jiān)管科、沙坨子口岸監(jiān)管科。
派駐機構(gòu)
1.琿春海關(guān)駐圈河辦事處設(shè)下列5個正科級內(nèi)設(shè)機構(gòu)：圈河口岸綜合業(yè)務(wù)科、圈河口岸監(jiān)管一科、圈河口岸監(jiān)管二科、圈河口岸監(jiān)管三科、圈河口岸監(jiān)管四科。
2.琿春海關(guān)駐長嶺辦事處設(shè)下列4個正科級內(nèi)設(shè)機構(gòu)：琿春口岸綜合業(yè)務(wù)科、琿春口岸監(jiān)管一科、琿春口岸監(jiān)管二科、琿春口岸監(jiān)管三科。
