為全面體現(xiàn)政府公共衛(wèi)生職能，適應(yīng)疾病譜和醫(yī)學(xué)模式改變，擴大疾病預(yù)防控制功能，增強城市公共衛(wèi)生應(yīng)急能力，優(yōu)化衛(wèi)生防病資源，提高公共衛(wèi)生科技水平，1998年11月，在市委、市政府的重視下，上海按照預(yù)防歸口、綜合管理、網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)一、上下對口、機構(gòu)整合、功能重組的原則，在原上海市防疫站基礎(chǔ)上，實質(zhì)性合并市勞動衛(wèi)生職業(yè)病防治研究所、市寄生蟲病防治研究所、市結(jié)核病防治中心、市皮膚病性病防治中心以及市腫瘤防治研究辦公室、市心腦血管疾病防治研究辦公室，在全國范圍內(nèi)率先組建成立了第一個省級疾病預(yù)防控制中心――上海市疾病預(yù)防控制中心，同時掛牌成立了市預(yù)防醫(yī)學(xué)研究院。
上海市疾病預(yù)防控制中心是實施市政府衛(wèi)生防病職能的公共衛(wèi)生核心專業(yè)機構(gòu)，集疾病預(yù)防控制與應(yīng)急、監(jiān)測檢驗與評價、應(yīng)用科研與指導(dǎo)、技術(shù)管理與服務(wù)、綜合防治與健康促進為一體，旨在預(yù)防和控制危險因素、疾病、傷害和失能，提高全人群健康水平和生命質(zhì)量。在繼續(xù)加強傳染病預(yù)防控制的同時，積極開展對慢性非傳染性疾病和健康危害因素的預(yù)防控制，重點加強疾病預(yù)防的技術(shù)決策、信息綜合、防治實施、應(yīng)用研究和預(yù)防服務(wù)等功能。按預(yù)防醫(yī)學(xué)專業(yè)設(shè)置傳染病防治部、慢性病防治部、環(huán)境職業(yè)衛(wèi)生部以及下屬的多個專業(yè)科室。
近年來，為了強化政府職能，突出政府衛(wèi)生防病職能的核心任務(wù)，體現(xiàn)專業(yè)學(xué)科基礎(chǔ)與行政管理實施的融合，上海市疾病預(yù)防控制中心先后設(shè)置了公共衛(wèi)生應(yīng)急處置辦公室、傳染病防治管理辦公室、信息管理辦公室等綜合業(yè)務(wù)管理部門，建立起上接政府、中聯(lián)專業(yè)科室、下達社區(qū)的高效業(yè)務(wù)管理機制，增強社會管理功能和疾病預(yù)防控制綜合能力。
【定位和宗旨】
上海市疾病預(yù)防控制中心是實施政府公共衛(wèi)生職能的核心專業(yè)機構(gòu)，是城市衛(wèi)生安全體系的重要組成部分；是在市政府衛(wèi)生行政部門領(lǐng)導(dǎo)下，組織實施全市衛(wèi)生防病工作的技術(shù)保障部門，同時承擔(dān)對區(qū)縣防治機構(gòu)的業(yè)務(wù)指導(dǎo)、考核和技術(shù)示范職能。
上海市疾病預(yù)防控制中心以預(yù)防控制健康危險因素、疾病、傷害和失能，提高全市人民健康水平和生命質(zhì)量，促進經(jīng)濟社會可持續(xù)發(fā)展為己任。
【基本任務(wù)】
實施疾病預(yù)防控制
追蹤健康相關(guān)因素
應(yīng)對突發(fā)公共衛(wèi)生事件
開展預(yù)防醫(yī)學(xué)應(yīng)用研究
推進國際合作與交流
【主要功能】
決策咨詢
擬定疾病防治策略、措施、規(guī)劃、技術(shù)方案、標(biāo)準(zhǔn)和規(guī)范。
信息綜合
實施疾病與危險因素監(jiān)測、預(yù)警，開展健康水平、干預(yù)措施動態(tài)評估。
防治實施
制定實施疾病防治計劃，開展技術(shù)指導(dǎo)、專業(yè)培訓(xùn)、質(zhì)量控制和效果評估。
科學(xué)研究
以公共衛(wèi)生政策、疾病預(yù)防控制策略、疾病防治措施和技術(shù)方法為重點，組織開展預(yù)防醫(yī)學(xué)應(yīng)用研究。
技術(shù)服務(wù)
提供公共衛(wèi)生咨詢、檢驗、健康安全評價等技術(shù)服務(wù)。
【工作模式】
管理模式：基礎(chǔ)防治規(guī)范化；重點立題項目化；合作協(xié)調(diào)網(wǎng)絡(luò)化；社區(qū)服務(wù)綜合化。
工作方式：現(xiàn)場與實驗室相結(jié)合；管理與技術(shù)指導(dǎo)相結(jié)合；預(yù)防與臨床診療相結(jié)合；試點與應(yīng)用推廣相結(jié)合。
防治結(jié)合：疾控中心負(fù)責(zé)疾病預(yù)防控制業(yè)務(wù)歸口管理，醫(yī)療機構(gòu)開展規(guī)范化診療，社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)中心負(fù)責(zé)社區(qū)病人和高危人群管理。

上海市預(yù)防醫(yī)學(xué)研究院是政府投入為主的公益性研究機構(gòu)。由上海市疾病預(yù)防控制中心主要業(yè)務(wù)科室、若干核心研究室和重點實驗室組成，是以開展預(yù)防醫(yī)學(xué)應(yīng)用研究，提高衛(wèi)生防病實施技術(shù)，加快公共衛(wèi)生人才培養(yǎng)為目標(biāo)的科研機構(gòu)，主要承擔(dān)各類傳染性疾病和非傳染性疾病的預(yù)防控制應(yīng)用研究，以及對環(huán)境、職業(yè)、營養(yǎng)不良等健康危害因素的識別、評價控制的研究。為提高疾病預(yù)防控制水平提供技術(shù)支持。
【職責(zé)定位】
跟蹤國際科學(xué)前沿，針對國內(nèi)和本市的公共衛(wèi)生健康問題，制定和更新預(yù)防醫(yī)學(xué)研究的方向和目標(biāo)，并發(fā)布相應(yīng)指南文件；組織、實施和研究計劃，并對其進行管理和考核；提供國內(nèi)外醫(yī)學(xué)研究信息和動態(tài)，制定各類衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)和技術(shù)規(guī)范，開展專業(yè)咨詢和培訓(xùn)；建立內(nèi)外合作和交流，開發(fā)和利用公共衛(wèi)生資源。
【公共衛(wèi)生研究平臺建設(shè)】
1、實驗室平臺：以預(yù)防醫(yī)學(xué)研究院現(xiàn)有實驗室資源為基礎(chǔ)，充分利用中心的先進設(shè)備條件構(gòu)建國內(nèi)領(lǐng)先、國際先進的科研實驗室平臺，同時共同組建本市的合作實驗室、國內(nèi)國際間合作實驗室、國際實驗工作站等模式的實驗室體系，資源共享；共同開展公共衛(wèi)生重大項目研究，開展不明原因病原微生物研究和化學(xué)危害物研究。
2、信息平臺：收集國內(nèi)外醫(yī)學(xué)情報資料，建立信息量大、更新速度快、獲取較為系統(tǒng)的生物醫(yī)學(xué)信息庫。為預(yù)防醫(yī)學(xué)和公共衛(wèi)生研究與建設(shè)提供服務(wù)；開展疾病綜合監(jiān)測分析、公共衛(wèi)生預(yù)警和突發(fā)事件處理研究。
3．評估決策平臺：提供各類健康及危險評估所需的基礎(chǔ)信息，建立評估的規(guī)范和方法；開展信息綜合和策略研究，建立流行病學(xué)支持系統(tǒng)，為院內(nèi)外研究項目提供流行病學(xué)方法支持。
4．預(yù)防醫(yī)學(xué)應(yīng)用研究平臺：確立以傳染病與慢性病防治、病原微生物、環(huán)境與職業(yè)衛(wèi)生、衛(wèi)生毒理學(xué)和食源性疾病為主的預(yù)防醫(yī)學(xué)研究重點，使部分學(xué)科研究達到國內(nèi)領(lǐng)先，接近國際先進水平。以此帶動其它公共衛(wèi)生研究水平的提高。同時開展各類衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)、技術(shù)規(guī)范的制定及推廣實施；開展公共衛(wèi)生管理、衛(wèi)生經(jīng)濟、社會醫(yī)學(xué)和公共衛(wèi)生政策研究；實施臨床預(yù)防項目，開展防治效果的評估。
【核心研究室】
艾滋病病毒免疫研究室
病原微生物檢測平臺與應(yīng)用研究室
公共衛(wèi)生基因與蛋白質(zhì)組學(xué)研究室
結(jié)核病分子生物學(xué)研究室
病媒生物抗藥性研究室
腫瘤流行病學(xué)研究室
心血管病流行病學(xué)研究室
毒理學(xué)評價研究室
化妝品安全與功能研究室
環(huán)境與健康研究室
職業(yè)危害預(yù)防與控制研究室
公共衛(wèi)生化學(xué)分析研究室
寄生蟲病研究室
領(lǐng)導(dǎo)信息

付 晨 1974年出生，中共黨員，碩士，研究員?，F(xiàn)任上海市疾病預(yù)防控制中心主任、中心黨委副書記，主持中心行政全面工作，分管慢性非傳染性疾病與傷害防治、外事、信息等工作。

現(xiàn)擔(dān)任復(fù)旦大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院兼職教授、上海交通大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院特聘教授、上海市政府發(fā)展研究中心特約研究員、上海市預(yù)防醫(yī)學(xué)會副會長/理事、上海市青年聯(lián)合會常委和醫(yī)藥衛(wèi)生界別主任、上海市法學(xué)會衛(wèi)生法學(xué)研究會常務(wù)理事、上海市醫(yī)藥衛(wèi)生青聯(lián)副主席、上海市疾病預(yù)防控制信息標(biāo)委會主任委員、上海市衛(wèi)生信息標(biāo)委會副主任委員、上海市公共衛(wèi)生監(jiān)督技術(shù)服務(wù)質(zhì)控中心主任、上海市醫(yī)務(wù)工會副主席。

宋耀君 1961年出生，中共黨員，大學(xué)本科，副主任醫(yī)師。現(xiàn)任上海市疾病預(yù)防控制中心黨委書記，主持中心黨委全面工作，分管組織人事、辦公室工作。

現(xiàn)擔(dān)任中國衛(wèi)生計生思想政治工作促進會理事、中國衛(wèi)生計生思想政治工作促進會疾病預(yù)防控制分會副會長、上海市醫(yī)學(xué)倫理學(xué)會常務(wù)理事、上海市第十五屆人大代表。

郭常義 1961年出生，中共黨員，本科，主任醫(yī)師?，F(xiàn)任上海市疾病預(yù)防控制中心副主任，分管中心財務(wù)、質(zhì)量管理、生物安全、菌毒種管理、五大衛(wèi)生等工作。

現(xiàn)擔(dān)任中華預(yù)防醫(yī)學(xué)會環(huán)境衛(wèi)生委員會常務(wù)理事、上海市預(yù)防醫(yī)學(xué)會常務(wù)理事、中國衛(wèi)生監(jiān)督協(xié)會專家咨詢委員會委員、中國衛(wèi)生監(jiān)督協(xié)會理事會第一屆理事、中國衛(wèi)生監(jiān)督協(xié)會環(huán)境衛(wèi)生與健康專業(yè)委員會、放射衛(wèi)生專業(yè)委員會、衛(wèi)生產(chǎn)品安全專業(yè)委員會常務(wù)委員、中國衛(wèi)生監(jiān)督協(xié)會團體標(biāo)準(zhǔn)委員會環(huán)境與健康標(biāo)委會副主任委員、上海市衛(wèi)生監(jiān)督標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會副主任、上海市學(xué)校衛(wèi)生保健協(xié)會副主任。

袁政安 1965年出生，中共黨員，本科，主任醫(yī)師?，F(xiàn)任上海市疾病預(yù)防控制中心黨委副書記、紀(jì)委書記，分管中心團委、婦委、紀(jì)檢監(jiān)察、病原生物檢定、公共服務(wù)與健康安全評價等工作。

先后擔(dān)任中國防癆協(xié)會副理事長、上海市防癆協(xié)會理事長、上海市醫(yī)學(xué)會衛(wèi)生分會主任委員、上海市預(yù)防醫(yī)學(xué)會公共衛(wèi)生應(yīng)急支委會主任委員、中國衛(wèi)生信息協(xié)會健康統(tǒng)計支委會副主任委員。

潘啟超 1963年出生，無黨派人士，本科，主任醫(yī)師。現(xiàn)任上海市疾病預(yù)防控制中心副主任兼結(jié)核病和艾滋病防治所所長，分管綜合保障、交流培訓(xùn)、科研、結(jié)核病艾滋病防治等工作。

先后擔(dān)任衛(wèi)生部艾滋病專家咨詢委員會委員、上海市預(yù)防醫(yī)學(xué)會流行病學(xué)會副主任委員、上海市預(yù)防醫(yī)學(xué)會性病艾滋病專業(yè)委員會主任委員。

孫曉冬 1968年出生，中共黨員，博士，主任醫(yī)師?，F(xiàn)任上海市疾病預(yù)防控制中心副主任，分管業(yè)務(wù)綜合管理、衛(wèi)生應(yīng)急、傳染病防治、免疫規(guī)劃等工作。

現(xiàn)擔(dān)任上海市預(yù)防醫(yī)學(xué)會免疫規(guī)劃專委會主委、中華預(yù)防醫(yī)學(xué)會疫苗與免疫分會第一屆委員會常務(wù)委員、中華醫(yī)學(xué)會兒科學(xué)分會預(yù)防接種委員會副主委、華東免疫預(yù)防協(xié)作委員會委員。