國家稅務(wù)總局珠海萬山海洋開發(fā)試驗區(qū)稅務(wù)局的主要職責是：

（一）負責貫徹執(zhí)行黨的路線、方針、政策，加強黨的全面領(lǐng)導(dǎo)，履行全面從嚴治黨責任，負責黨的建設(shè)和思想政治建設(shè)工作。

（二）負責貫徹執(zhí)行稅收、社會保險費和有關(guān)非稅收入法律、法規(guī)、規(guī)章和規(guī)范性文件，研究制定具體實施辦法。組織落實國家規(guī)定的稅收優(yōu)惠政策。

（三）負責研究擬定本單位稅收、社會保險費和有關(guān)非稅收入中長期規(guī)劃，參與擬定稅收、社會保險費和有關(guān)非稅收入預(yù)算目標并依法組織實施。負責本單位稅收、社會保險費和有關(guān)非稅收入的會統(tǒng)核算工作。組織開展收入分析預(yù)測。

（四）負責開展稅收經(jīng)濟分析和稅收政策效應(yīng)分析，為上級稅務(wù)機關(guān)和珠海萬山海洋開發(fā)試驗區(qū)管委會提供決策參考。

（五）負責所轄區(qū)域內(nèi)各項稅收、社會保險費和有關(guān)非稅收入征收管理。組織實施稅（費）源監(jiān)控和風險管理，加強大企業(yè)和自然人稅收管理。

（六）負責組織實施本系統(tǒng)稅收、社會保險費和有關(guān)非稅收入服務(wù)體系建設(shè)。組織開展納稅服務(wù)、稅收宣傳工作，保護納稅人、繳費人合法權(quán)益。承擔涉及稅收、社會保險費和有關(guān)非稅收入的行政處罰聽證、行政復(fù)議和行政訴訟事項。

（七）負責所轄區(qū)域內(nèi)國際稅收和進出口稅收管理工作，組織反避稅調(diào)查和出口退稅事項辦理。

（八）負責增值稅專用發(fā)票、普通發(fā)票和其他各類發(fā)票管理。負責稅收、社會保險費和有關(guān)非稅收入票證管理。

（九）負責組織實施本單位各項稅收、社會保險費和有關(guān)非稅收入征管信息化建設(shè)和數(shù)據(jù)治理工作。

（十）負責本單位內(nèi)部控制機制建設(shè)工作，開展對本單位貫徹執(zhí)行黨中央、國務(wù)院重大決策及上級工作部署情況的督查督辦，組織實施稅收執(zhí)法督察。

（十一）負責本單位基層建設(shè)和干部隊伍建設(shè)工作，加強領(lǐng)導(dǎo)班子和后備干部隊伍建設(shè)，承擔稅務(wù)人才培養(yǎng)和干部教育培訓(xùn)工作。負責本單位績效管理和干部考核工作。

（十二）負責本單位機構(gòu)、編制、經(jīng)費和資產(chǎn)管理工作。

（十三）完成國家稅務(wù)總局珠海市稅務(wù)局和珠海萬山海洋開發(fā)試驗區(qū)管委會交辦的其他工作。

主要職責包含登記注冊在萬山海洋開發(fā)試驗區(qū)所轄各海島范圍內(nèi)納稅人；港珠澳大橋人工島范圍內(nèi)納稅人以及萬山海洋開發(fā)試驗區(qū)管委會擁有物業(yè)所在地納稅人。萬山海洋開發(fā)試驗區(qū)管委會擁有物業(yè)具體包括：東光大廈（梅華東路301號2單元）、擔桿大廈（沿河?xùn)|路323號）、東區(qū)大廈（海虹路29號）、香埠路物業(yè)（香埠路48-68號）、香洲港服務(wù)公司大樓（朝陽路29號）、山星工業(yè)城（界沖村山星工業(yè)城）。