負責機關日常運轉工作。承擔黨的建設、信息、安全、保密、信訪、檔案、政務公開、新聞宣傳、新聞發(fā)布及人大代表建議、政協(xié)委員提案辦理工作，起草對外發(fā)布規(guī)范性文稿和系統(tǒng)內(nèi)部規(guī)范性文件、文稿。

承擔機關和所屬單位的干部人事、機構編制、勞動工資等工作，指導水利行業(yè)人才隊伍建設。

負責部門預算決算、內(nèi)部賬務收支規(guī)范實施和管理以及審計工作。承擔財務管理和資產(chǎn)管理工作。組織提出水利財政資金安排建議，并統(tǒng)籌協(xié)調項目實施的監(jiān)督管理和績效評價。提出有關水利價格、稅費、基金、信貸的建議。

組織開展大中型灌排工程建設與改造，指導農(nóng)村飲水安全工程建設與管理工作，指導節(jié)水灌溉有關工作。組織擬訂農(nóng)村水能資源開發(fā)規(guī)劃，指導水電農(nóng)村電氣化、農(nóng)村水電增效擴容改造以及農(nóng)村水能資源開發(fā)工作。指導農(nóng)村水利社會化服務體系建設。

指導水庫、堤防等水利工程的管理、保護和綜合利用。組織編制水庫運行調度規(guī)程并監(jiān)督實施，指導水庫、水電站大壩的運行管理與劃界。組織實施水庫工程管理和保護范圍內(nèi)工程建設方案審查。指導水庫新建規(guī)劃、計劃和除險加固等工作。組織編制洪水干旱防治規(guī)劃和防護標準、重要水工程的防御洪水抗御旱災調度以及應急水量調度方案并組織實施。承擔水情旱情預警工作。承擔洪泛區(qū)、蓄滯洪區(qū)和防洪保護區(qū)的洪水影響評價工作。

指導水利工程建設管理，制定有關制度并組織實施。組織指導水利工程蓄水安全鑒定和驗收。指導水利建設市場的監(jiān)督管理和水利建設市場信用體系建設。督促檢查水利重大政策、決策部署和重點工作貫徹落實情況。組織實施水利工程質量和安全監(jiān)督。指導水利行業(yè)安全生產(chǎn)工作，指導水庫、水電站大壩及農(nóng)村水電站的安全監(jiān)管。

起草有關地方性水利法規(guī)、縣政府規(guī)章草案，研究擬定水利工作的政策措施并監(jiān)督實施。指導水利行政許可工作并監(jiān)督檢查。承擔行政應訴、行政復議和行政賠償工作。組織指導水政監(jiān)察和水行政執(zhí)法，協(xié)調跨鎮(zhèn)（區(qū)）水事糾紛，組織查處重大涉水違法事件，負責組織行政審批工作。

承擔水利工程移民管理和后期扶持工作，組織實施水利工程移民安置驗收、監(jiān)督評估等制度，審核大中型水利工程移民安置規(guī)劃，組織開展新增水庫移民后期扶持人口核定。協(xié)調落實南水北調工程有關重大政策和措施。指導監(jiān)督運行管理工作。組織開展南水北調有關后續(xù)工程前期和建設管理工作。推動南水北調對口協(xié)作工作。