1、辦公室（黨委辦公室）
主要職責(zé)：負(fù)責(zé)汕頭海關(guān)機(jī)關(guān)和黨委日常運(yùn)轉(zhuǎn)，承擔(dān)安全、保密、檔案、文秘、信訪、外事、政務(wù)公開、口岸管理、應(yīng)急值守、會議管理、公務(wù)接待、信息宣傳、新聞輿論、重要文稿起草、督辦等工作。牽頭擬訂機(jī)關(guān)內(nèi)部管理規(guī)定并組織實(shí)施。聯(lián)系和協(xié)調(diào)地方口岸工作。指導(dǎo)和協(xié)調(diào)關(guān)史研究工作。承擔(dān)黨委辦公室工作。
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2、法規(guī)和綜合業(yè)務(wù)處
主要職責(zé)：承擔(dān)關(guān)區(qū)規(guī)范性文件、重大改革和規(guī)章制度合法性審查工作，承擔(dān)行政審批管理、知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護(hù)、海關(guān)標(biāo)準(zhǔn)化工作，承擔(dān)有關(guān)行政復(fù)議和行政應(yīng)訴工作。承擔(dān)日常業(yè)務(wù)統(tǒng)籌協(xié)調(diào)、綜合管理事項(xiàng)，承擔(dān)全國通關(guān)一體化相關(guān)工作。牽頭落實(shí)海關(guān)總署重大改革部署，承擔(dān)關(guān)區(qū)重大改革事項(xiàng)、促進(jìn)外貿(mào)發(fā)展措施的統(tǒng)籌規(guī)劃、綜合協(xié)調(diào)、整體推進(jìn)、督促落實(shí)工作。牽頭擬訂關(guān)區(qū)業(yè)務(wù)綜合發(fā)展規(guī)劃，承擔(dān)與海關(guān)有關(guān)的技術(shù)規(guī)范的貫徹落實(shí)。牽頭落實(shí)國家禁止或限制進(jìn)出境貨物、物品的海關(guān)監(jiān)管制度，協(xié)調(diào)開展技術(shù)性貿(mào)易措施工作。承擔(dān)通關(guān)流程標(biāo)準(zhǔn)、申報規(guī)范、通關(guān)運(yùn)行管理工作。
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3、關(guān)稅處
主要職責(zé)：承擔(dān)進(jìn)出口關(guān)稅及其他稅費(fèi)征管規(guī)定在關(guān)區(qū)的組織實(shí)施，推動關(guān)區(qū)綜合治稅工作，承擔(dān)稅收分析、征管質(zhì)量監(jiān)控等工作。承擔(dān)進(jìn)出口商品分類目錄、原產(chǎn)地規(guī)則及簽證管理、海關(guān)估價、驗(yàn)估等相關(guān)工作。組織實(shí)施國家關(guān)稅和進(jìn)口環(huán)節(jié)稅減免、反傾銷和反補(bǔ)貼措施、保障措施及其他關(guān)稅措施。組織實(shí)施涉嫌走私、違規(guī)案件偷逃稅款計核工作。
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4、衛(wèi)生檢疫處
主要職責(zé):擬訂關(guān)區(qū)出入境衛(wèi)生檢疫監(jiān)管工作制度及口岸突發(fā)公共衛(wèi)生事件處置預(yù)案，承擔(dān)出入境衛(wèi)生檢疫、傳染病監(jiān)測、衛(wèi)生監(jiān)督、衛(wèi)生處理的監(jiān)督管理以及口岸突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)對及指導(dǎo)工作。
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5、動植物檢疫處
主要職責(zé)：擬訂關(guān)區(qū)出入境動植物及其產(chǎn)品檢驗(yàn)檢疫的工作制度，承擔(dān)出入境動植物及其產(chǎn)品檢驗(yàn)檢疫的管理工作，按分工組織實(shí)施風(fēng)險分析和緊急預(yù)防措施，承擔(dān)出入境轉(zhuǎn)基因生物及其產(chǎn)品、生物物種資源檢驗(yàn)檢疫的管理工作。
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6、進(jìn)出口食品安全處
主要職責(zé)：擬訂關(guān)區(qū)進(jìn)出口食品、化妝品安全和檢驗(yàn)檢疫的工作制度，承擔(dān)關(guān)區(qū)進(jìn)口食品、化妝品的檢驗(yàn)檢疫、監(jiān)督管理工作，承擔(dān)進(jìn)口食品境外生產(chǎn)企業(yè)注冊管理相關(guān)工作，按分工組織實(shí)施風(fēng)險分析和緊急預(yù)防措施。依據(jù)多雙邊協(xié)議承擔(dān)出口食品相關(guān)工作。
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7、商品檢驗(yàn)處
主要職責(zé)：擬訂關(guān)區(qū)進(jìn)出口商品法定檢驗(yàn)和監(jiān)督管理工作制度并組織實(shí)施，承擔(dān)進(jìn)口商品安全風(fēng)險評估、風(fēng)險預(yù)警和快速反應(yīng)工作。承擔(dān)關(guān)區(qū)國家實(shí)行許可制度的進(jìn)口商品驗(yàn)證工作，監(jiān)督管理法定檢驗(yàn)商品的數(shù)量、重量鑒定。依據(jù)多雙邊協(xié)議組織落實(shí)出口商品檢驗(yàn)相關(guān)工作。
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8、口岸監(jiān)管處
主要職責(zé)：組織落實(shí)進(jìn)出境運(yùn)輸工具、貨物、物品、動植物、食品、化妝品和人員的海關(guān)檢查、檢驗(yàn)、檢疫工作制度，組織落實(shí)物流監(jiān)控、監(jiān)管作業(yè)場所及經(jīng)營人、監(jiān)管設(shè)備管理工作制度，組織落實(shí)進(jìn)出境郵件快件、暫時進(jìn)出境貨物、進(jìn)出境展覽品等監(jiān)管制度。承擔(dān)關(guān)區(qū)內(nèi)國家禁止或限制進(jìn)出境貨物、物品的口岸監(jiān)管職能管理工作，海關(guān)口岸監(jiān)管環(huán)節(jié)的反恐、防擴(kuò)散、出口管制等職能管理工作，承擔(dān)進(jìn)口固體廢物、進(jìn)出口易制毒化學(xué)品等口岸監(jiān)管職能管理工作。承擔(dān)跨境電商等非貿(mào)業(yè)務(wù)的職能管理工作。
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9、統(tǒng)計分析處
主要職責(zé)：承擔(dān)海關(guān)統(tǒng)計制度的組織實(shí)施，承擔(dān)進(jìn)出口貨物貿(mào)易統(tǒng)計和海關(guān)業(yè)務(wù)統(tǒng)計，編制并發(fā)布海關(guān)統(tǒng)計資料，開展海關(guān)業(yè)務(wù)統(tǒng)計分析。承擔(dān)對外貿(mào)易形勢和進(jìn)出口情況分析，撰寫進(jìn)出口監(jiān)測預(yù)警分析報告，發(fā)布海關(guān)統(tǒng)計信息。承擔(dān)報關(guān)單數(shù)據(jù)質(zhì)量監(jiān)控、單證管理工作，推動服務(wù)進(jìn)出口企業(yè)的信息公共服務(wù)平臺建設(shè)工作。配合總署開展海關(guān)服務(wù)和推動國家重大開放戰(zhàn)略研究，擬訂關(guān)區(qū)海關(guān)事業(yè)發(fā)展規(guī)劃。
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10、企業(yè)管理和稽查處
主要職責(zé)：承擔(dān)海關(guān)信用管理制度的組織實(shí)施。組織實(shí)施海關(guān)稽查、核查及貿(mào)易調(diào)查、市場調(diào)查、主動披露等制度。承擔(dān)關(guān)區(qū)重大敏感、疑難復(fù)雜等專項(xiàng)稽查行動的組織、協(xié)調(diào)和指揮等工作。
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11、緝私局
緝私局是全關(guān)緝私工作的職能管理部門。負(fù)責(zé)反走私綜合治理工作；查處走私違規(guī)案件，偵辦走私犯罪案件，開展緝私情報工作；負(fù)責(zé)跨關(guān)區(qū)打擊走私違法犯罪的組織協(xié)調(diào)工作。
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12、財務(wù)處
主要職責(zé)：擬訂關(guān)區(qū)各類資金、專用基金和國有資產(chǎn)、基本建設(shè)、政府采購、涉案財物、車船裝備及制裝等管理制度并組織實(shí)施；承擔(dān)征收的稅費(fèi)資金和罰沒收入的收繳入庫管理工作；承擔(dān)預(yù)決算管理工作。
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13、科技處
主要職責(zé)：擬訂關(guān)區(qū)科技發(fā)展、科技裝備保障、信息化標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范、實(shí)驗(yàn)室建設(shè)規(guī)劃并組織實(shí)施，開展相關(guān)科研、技術(shù)引進(jìn)、科技應(yīng)用項(xiàng)目開發(fā)、推廣和運(yùn)行的管理，承擔(dān)網(wǎng)絡(luò)及信息系統(tǒng)安全工作。
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14、督察內(nèi)審處
主要職責(zé)：擬訂關(guān)區(qū)執(zhí)法監(jiān)督、執(zhí)法評估、內(nèi)控機(jī)制和內(nèi)部審計工作制度并組織實(shí)施，擬訂關(guān)區(qū)領(lǐng)導(dǎo)干部任期經(jīng)濟(jì)責(zé)任審計和管理審計等制度并組織實(shí)施，對關(guān)區(qū)貫徹落實(shí)中央重大決策部署以及總署黨委、關(guān)黨委（黨組）工作部署情況進(jìn)行督察。
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15、人事處（黨委組織部）
主要職責(zé)：承擔(dān)干部人事、機(jī)構(gòu)編制、海關(guān)關(guān)銜、勞動工資、職稱評審、獎懲、因私出國（境）、人才隊伍、工勤人員管理等工作。
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16、機(jī)關(guān)黨委（思想政治工作辦公室）
主要職責(zé)：承擔(dān)關(guān)區(qū)文化建設(shè)、精神文明建設(shè)、準(zhǔn)軍事化紀(jì)律部隊建設(shè)、黨風(fēng)廉政建設(shè)等工作。指導(dǎo)關(guān)區(qū)黨建、群團(tuán)線條工作。承擔(dān)黨委宣傳部、黨委巡察工作。協(xié)調(diào)辦理政治部相關(guān)事務(wù)。
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17、監(jiān)察室（黨委紀(jì)檢組）
主要職責(zé)：承擔(dān)關(guān)區(qū)反腐敗工作，開展監(jiān)督執(zhí)紀(jì)問責(zé)，受理檢舉、控告，審查、調(diào)查違紀(jì)行為。承擔(dān)黨委紀(jì)檢組工作。
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19、離退休干部辦公室
主要職責(zé)：承擔(dān)關(guān)區(qū)離退休干部工作，指導(dǎo)相關(guān)單位開展離退休人員服務(wù)管理工作。
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20、教育處
主要職責(zé)：擬訂關(guān)區(qū)教育培訓(xùn)管理制度及工作計劃并組織實(shí)施。統(tǒng)籌指導(dǎo)開展各類培訓(xùn)和考試，協(xié)調(diào)開展教育培訓(xùn)對外合作工作。承擔(dān)兼職教師隊伍和培訓(xùn)教材管理、在職學(xué)歷教育管理工作。
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